PROCC

Ernesto Raul Caffarena

Possui graduação em Física (1993) e doutorado em Ciências Exatas (1996) pela Universidade Nacional de La Plata. Atualmente é pesquisador titular da Fundação Oswaldo Cruz, docente permanente e Coordenador adjunto do programa de Pós-graduação em Biologia Computacional e Sistemas, IOC - FIOCRUZ. Foi Coordenador do mencionado Programa de pós-graduação no quadriênio 2013-2017. Desde 2017 participa como membro revisor de contas da Sociedade Brasileira de Biofísica (SBBf). Tem experiência na área de Biofísica Molecular, com ênfase em Modelagem Molecular, atuando principalmente nas seguintes áreas: Interação receptor-ligante, cálculos computacionais de energia livre, visando principalmente ao estudo de doenças negligenciadas. Atualmente, o seu interesse está orientado ao cálculo computacional de energia livre e técnicas de computacionais de amostragem aumentadas como metadinâmica, potencial de força média e dinâmica molecular forçada para o estudo de interações receptor-ligante. Líder do Grupo de Pesquisa do CNPq em Biofísica Computacional e Modelagem Molecular - GBCMM. (Texto informado pelo autor)

http://lattes.cnpq.br/8742778337409951 (13/10/2019)

Rótulo/Grupo: Pesquisador

Bolsa CNPq: Nível 1D

Período de análise: 2002-HOJE

Endereço: Fundação Oswaldo Cruz, Procc. Avenida Brasil 4365 Manguinhos 21045-900 - Rio de Janeiro, RJ - Brasil - Caixa-postal: 926 Telefone: (21) 38361103 URL da Homepage: http://www.procc.fiocruz.br

Grande área: Ciências Biológicas

Área: Biofísica

Citações: Google Acadêmico

Produção bibliográfica

Artigos completos publicados em periódicos (49)
1. SILVA, R. E. ; CAFFARENA, ERNESTO ; Grigera, J. Raúl. The role of hydrophobicity in the cold denaturation of proteins under high pressure: A study on apomyoglobin. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS. v. 150, p. 075102, issn: 0021-9606, 2019.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
2. SANTOS, D. A. ; JORGE, N. A. N. ; PASSETTI, F. ; CAFFARENA, ERNESTO. Unraveling RNA dynamical behavior of TPP riboswitches: a comparison between Escherichia coli and Arabidopsis thaliana. Scientific Reports. v. 9, p. 4197, issn: 2045-2322, 2019.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
3. OLIVEIRA, C. C. S. ; PEREIRA, G. R. C. ; ALCANTARA, J. Y. S. ; ANTUNES, DEBORAH ; CAFFARENA, ERNESTO ; MESQUITA, J. F.. In silico analysis of the V66M variant of human BDNF in psychiatric disorders: An approach to precision medicine. PLoS One. v. 14, p. e0215508, issn: 1932-6203, 2019.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
4. SOARES, RAFAEL F. ; ANTUNES, DEBORAH ; SANTOS, LUCIANNA H. S. ; ROCHA, GISELE VIEIRA ; BASTOS, LEONARDO SOARES ; GUIMARÃES, ANA CAROLINA R. ; CAFFARENA, ERNESTO R.. Studying effects of different protonation states of His11 and His102 in ribose-5-phosphate isomerase of Trypanosoma cruzi : an example of cooperative behavior. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS. v. x, p. 1-10, issn: 0739-1102, 2019.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
5. SILVA, A. P. ; ANTUNES, DEBORAH ; TORRES, A.L.Q. ; CAFFARENA, ERNESTO ; LAMPE, E.. Effects of the Q80K polymorphism on the physicochemical properties of hepatitis C virus subtype 1a NS3 protease. Viruses-Basel. v. 11, p. 691, issn: 1999-4915, 2019.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
6. GOMES, M. E. ; PATERNOSTRO, L. ; MOURA, V. R. ; SANTOS, D. A. ; CAFFARENA, ERNESTO ; HOROVITZ, D. ; SANSEVERINO, M. T. ; FERRAZ, G. ; FELIX, T. M. ; CAVALCANTI, D. ; LLERENA, J. ; GONZALEZ, S.. Identification of Novel and Recurrent RMRP Variants in a Series of Brazilian Patients with Cartilage-Hair Hypoplasia: McKusick Syndrome. MOLECULAR SYNDROMOLOGY. p. 1, issn: 1661-8769, 2019.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
7. PEREIRA, GLAÉCIA AN ; SANTOS, LUCIANNA H ; WANG, STEVEN C ; MARTINS, LUAN C ; VILLELA, FILIPE S ; LIAO, WEITING ; DESSOY, MARCO A ; DIAS, LUIZ C ; ANDRICOPULO, ADRIANO D ; COSTA, MARIANA AF ; NAGEM, RONALDO AP ; CAFFREY, CONOR R ; LIEDL, KLAUS R ; CAFFARENA, ERNESTO R ; FERREIRA, RAFAELA S. Benzimidazole inhibitors of the major cysteine protease of Trypanosoma brucei. Future Medicinal Chemistry. v. 11, p. 1537-1551, issn: 1756-8919, 2019.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
8. SANTOS, D. A. ; JORGE, N. A. N. ; CAFFARENA, ERNESTO ; PASSETTI, F.. Using RNA Sequence and Structure for the Prediction of Riboswitch Aptamer: A Comprehensive Review of Available Software and Tools. Frontiers in Genetics. v. 8, p. 231, issn: 1664-8021, 2018.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
9. ESPINOSA, YANIS R. ; Caffarena, Ernesto R. ; MARTÍNEZ, YANINA BERRUETA ; Grigera, J. Raúl. Pressure effect on micellization of non-ionic surfactant Triton X-100. JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS. v. 148, p. 074901, issn: 0021-9606, 2018.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
10. GÓMEZ, MARIELA MARTÍNEZ ; ABREU, FILIPE VIEIRA SANTOS DE ; SANTOS, ALEXANDRE ARAUJO CUNHA DOS ; MELLO, IASMIM SILVA DE ; SANTOS, MARTA PEREIRA ; RIBEIRO, IEDA PEREIRA ; FERREIRA-DE-BRITO, ANIELLY ; MIRANDA, RAFAELLA MORAES DE ; CASTRO, MARCIA GONÇALVES DE ; RIBEIRO, MARIO SERGIO ; LATERRIÈRE JUNIOR, ROBERTO DA COSTA ; AGUIAR, SHIRLEI FERREIRA ; MEIRA, GUILHERME LOUZADA SILVA ; ANTUNES, DEBORAH ; TORRES, PEDRO HENRIQUE MONTEIRO ; MIR, DAIANA ; VICENTE, ANA CAROLINA PAULO ; GUIMARÃES, ANA CAROLINA RAMOS ; CAFFARENA, ERNESTO RAUL ; BELLO, GONZALO ; LOURENÇO-DE-OLIVEIRA, RICARDO ; BONALDO, MYRNA CRISTINA. Genomic and structural features of the yellow fever virus from the 2016-2017 Brazilian outbreak. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY. v. x, p. 1, issn: 0022-1317, 2018.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
11. MAIA, R. C. ; PEREIRA, M. X. ; Hammes, A ; VASCONCELOS, F. C. ; POZZO, A. R. ; PEREIRA, T. H. ; CAFFARENA, E. R. ; GATTASS, C. R.. Antitumor Effect Of Pomolic Acid In Acute Myeloid Leukemia Cells Involves Cell Death, Decreased Cell Growth And Topoisomerases Inhibition. Anti-Cancer Agents in Medicinal Chemistry. v. 18, p. 1, issn: 1871-5206, 2018.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
12. SILVA, V. S. ; VERGARA, F. ; SEITO, L. N. ; SANTOS, D. A. ; SANTOS, LUCIANNA HELENE ; Henriques, Maria G.M.O. ; CAFFARENA, ERNESTO. Thiophenacetamide as a potential modulator to NF-kB: structure and dynamics study using and molecular biology essays. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS. v. 1, p. 1-37, issn: 0739-1102, 2018.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
13. SANTOS, L. H. ; WALDNER, B. ; FUCHS, J. E. ; PEREIRA, G. A. N. ; LIEDL, K. ; CAFFARENA, ERNESTO ; FERREIRA, RAFAELA SALGADO. Understanding structure-activity relationships for trypanosomal cysteine protease inhibitors by simulations and free energy calculations. Journal of Chemical Information and Modeling. v. x, p. x, issn: 1549-9596, 2018.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
14. COSTA, CAROLINA C.P. ; BOECHAT, NUBIA ; BASTOS, MONICA M. ; DA SILVA, FERNANDO DE C. ; MARTTORELLI, ANDRESSA ; SOUZA, THIAGO M.L. ; BAPTISTA, MAYARA S. ; HOELZ, LUCAS V.B. ; CAFFFARENA, ERNESTO R.. New Efavirenz Derivatives and 1,2,3-Triazolyl-phosphonates as Inhibitors of Reverse Transcriptase of HIV-1. CURRENT TOPICS IN MEDICINAL CHEMISTRY. v. 18, p. 1494-1505, issn: 1568-0266, 2018.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
15. AZEREDO, L. F. ; COUTINHO, J. P. ; JABOR, V. A. P. ; FELICIANO, P. R. ; NONATO, M. C. ; KAISER, C. R. ; MENEZES, C. M. S. ; Hammes, A ; CAFFARENA, E. R. ; HOELZ, L. V. ; SOUZA, N. B. ; PEREIRA, G. A. N. ; CERAVOLO, I. P. ; Krettli, Antoniana U. ; BOECHAT, NÚBIA. Evaluation of 7-arylaminopyrazolo[1,5-a]pyrimidines as anti-Plasmodium falciparum, antimalarial, and Pf-dihydroorotate dehydrogenase inhibitors. European Journal of Medicinal Chemistry. v. 126, p. 72-83, issn: 0223-5234, 2017.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
16. Hammes, A ; SANTOS, D. A. ; COSTA, M. G. S. ; CAFFARENA, E. R.. Structural insights into leishmanolysins encoded on chromosome 10 of Leishmania (Viannia) braziliensis. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ. v. 112, p. 617-625, issn: 0074-0276, 2017.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
17. SANTOS, D. A. ; COSTA, M. G. S. ; ALVES, C. R. ; CAFFARENA, ERNESTO. Structural and dynamic insights into the C-Terminal extension of Cysteine Proteinase B from Leishmania amazonensis. Journal of Molecular Graphics & Modelling. v. 70, p. 30-39, issn: 1093-3263, 2016.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
18. SILVA, R. E. ; GRIGERA, J. R. ; CAFFARENA, ERNESTO. Essential dynamics of the cold denaturation: pressure and temperature effects in yeast frataxin. Proteins (Print). v. 1, p. 1, issn: 0887-3585, 2016.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
19. BRANDT, ARTUR M. L. ; BATISTA, PAULO RICARDO ; SOUZA-SILVA, FRANKLIN ; ALVES, CARLOS ROBERTO ; CAFFARENA, ERNESTO RAUL. Exploring the unbinding of Leishmania (L.) amazonensis CPB derived-epitopes from H2 MHC class I proteins. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS. v. 84, p. n/a-n/a, issn: 0887-3585, 2016.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
20. PEREIRA, JANAINA CRUZ ; Caffarena, Ernesto Raúl ; DOS SANTOS, CICERO NOGUEIRA. Boosting Docking-Based Virtual Screening with Deep Learning. Journal of Chemical Information and Modeling. v. 56, p. 2495-2506, issn: 1549-9596, 2016.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
21. ALVES, DAVI DA SILVEIRA BARROSO ; BARBOSA, MARIA TEREZA SERRANO ; Caffarena, Ernesto Raúl ; SILVA, ALEXANDRE SOUSA DA. Caracterização do envelhecimento populacional no município do Rio de Janeiro: contribuições para políticas públicas sustentáveis. CADERNOS SAÚDE COLETIVA. v. 24, p. 63-69, issn: 2358-291X, 2016.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
22. SOUZA DA SILVA, F. ; BOURGUIGNON, S. ; PEREIRA, B. ; CORTES, L. ; OLIVEIRA, L. F. ; HENRIQUES-PONS, A. ; FINKELSTEIN, L. C. ; FERREIRA, V. ; CARNEIRO, P. ; PINHO, R. ; CAFFARENA, E. R. ; ALVES, C. R.. Epoxy-α-Lapachone Has In Vitro and In Vivo Anti-Leishmania (Leishmania) amazonensis Effects and Inhibits Serine Proteinase Activity in This Parasite. Antimicrobial Agents and Chemotherapy (Print). v. 59, p. 1910-1918, issn: 0066-4804, 2015.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
23. SILVA, João Herminio Martins da ; HAHNE, M. ; SAVINO, W. ; Caffarena, Ernesto Raúl. In silico identification of novel APRIL peptide antagonists and binding insights by molecular modeling and immunosorbent assays. Protein & Peptide Letters. v. 22, p. 432-442, issn: 1875-5305, 2015.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
24. SANTOS, LUCIANNA HELENE ; FERREIRA, RAFAELA SALGADO ; Caffarena, Ernesto Raúl. Computational drug design strategies applied to the modelling of human immunodeficiency virus-1 reverse transcriptase inhibitors. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Online). v. 110, p. 847-864, issn: 1678-8060, 2015.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
25. BORGES, P. V. ; MORET, K. H. ; MAYA-MONTEIRO, C. M. ; SOUZA-SILVA, F. ; ALVES, C. R. ; BATISTA, P. R. ; CAFFARENA, E. R. ; PACHECO, P. ; HENRIQUES, M. D. G. ; PENIDO, C.. Gedunin Binds to MD-2 and Impairs LPS-Induced TLR4 Signaling in Macrophages. Molecular Pharmacology. v. 88, p. 949-961, issn: 1521-0111, 2015.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
26. DUVAL, FELIPE ; CAFFARENA, ERNESTO ; CRUZ, O. G. ; SILVA, G. M. S. ; SILVA, F. A. B.. ADVERSEMINER: Minerador de efeitos adversos em bases convencionais e não convencionais. Medicina (Ribeirao Preto. Online). v. 48, p. 7-12, issn: 2176-7262, 2015.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
27. SOUZA DA SILVA, F. ; PEREIRA, B. ; FINKELSTEIN, L. C. ; ZUCOLOTTO, V. ; CAFFARENA, E. R. ; ALVES, C. R.. Dynamic identification of H2 epitopes from Leishmania (Leishmania) amazonensis cysteine proteinase B with potential immune activity during murine infection. JMR. Journal of Molecular Recognition. v. 27, p. 98-105, issn: 0952-3499, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
28. ALVES, LUIZ ; DA SILVA, JOÃO ; FERREIRA, DINARTE ; FIDALGO-NETO, ANTONIO ; TEIXEIRA, PEDRO ; DE SOUZA, CRISTINA ; CAFFARENA, ERNESTO ; DE FREITAS, MÔNICA. Structural and Molecular Modeling Features of P2X Receptors. International Journal of Molecular Sciences (Online). v. 15, p. 4531-4549, issn: 1422-0067, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
29. CARVALHO, ALCIONE SILVA DE ; SALOMÃO, KELLY ; CASTRO, SOLANGE LISBOA DE ; CONDE, TALINE RAMOS ; ZAMITH, HELENA PEREIRA DA SILVA ; Caffarena, Ernesto Raúl ; HALL, BELINDA SUZETTE ; WILKINSON, SHANE ROBERT ; BOECHAT, NÚBIA. Megazol and its bioisostere 4H-1,2,4-triazole: comparing the trypanocidal, cytotoxic and genotoxic activities and their in vitro and in silico interactions with the Trypanosoma brucei nitroreductase enzyme. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso). v. 109, p. 1, issn: 0074-0276, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
30. MARQUES, C. S. ; BRITO-DE-SOUZA, V. N. ; GUERREIRO, L. ; SILVA, João Herminio Martins da ; AMARAL, E. P. ; CARDOSO, C. C. ; BATISTA, I. M. F. D. ; SILVA, W. L. ; NERY, J. A. C. ; MEDEIROS, P. ; GIGLIOTTI, P. ; CAMPANELLI, A. P. ; VIRMOND, M. ; SARNO, E. N. ; MIRA, M. T. ; LANA, F. C. F. ; CAFFARENA, E. R. ; PACHECO, A. G. ; PEREIRA, A. C. ; MORAES, M.. Toll-like receptor 1 (TLR1) N248S single nucleotide polymorphism is associated with leprosy risk and regulates immune activation during mycobacterial infection. The Journal of Infectious Diseases. v. 208, p. 120-129, issn: 0022-1899, 2013.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
31. MAIA, A. M. ; MARTINS, J. H. ; MENCALHA, A. L. ; CAFFARENA, E. R. ; ABDELHAY, E.. Computational modeling of the bHLH domain of the transcription factor TWIST1 and R118C, S144R and K145E mutants. BMC Bioinformatics. v. 13, p. 184, issn: 1471-2105, 2012.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
32. Luksch, H Romanowsky, M J Chara, Osvaldo Tungler, V CAFFARENA, E. Naturally occurring genetic variants of human caspase-1 differ considerably in structure and ability to activate interleukin-1b (IL-1b). Human Mutation. v. 34, p. 122-131, issn: 1059-7794, 2012.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
33. Pereira, Elen Gomes ; Moreira, Miguel Ângelo Martins ; Caffarena, Ernesto Raúl. Molecular interactions of c-ABL mutants in complex with imatinib/nilotinib: a computational study using linear interaction energy (LIE) calculations. Journal of Molecular Modeling (Online). v. 18, p. 4333-4341, issn: 0948-5023, 2012.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
34. CARLEVARO, C. M. ; SILVA, João Herminio Martins da ; SAVINO, W. ; CAFFARENA, E. R.. Plausible binding Mode of the Active α4β1 antagonist, MK-0617, determined by Docking and Free Energy Calculations. Journal of Theoretical and Computational Chemistry. v. 12, p. 1250108-1-1250108-16, issn: 1793-6888, 2012.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
35. Fonseca, M. ; ZAHA, A ; CAFFARENA, E. R. ; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de. Structure-based functional inference of hypothetical proteins from Mycoplasma hyopneumoniae. Journal of Molecular Modeling (Online). v. 17, p. 1-9, issn: 0948-5023, 2011.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
36. PEREIRA, B. ; SOUZA DA SILVA, F. ; VILLA, M. M. ; REBELLO, K. ; TRAUB-CSEKO, Y. M. ; BERTHO, A. L. ; ANDRADE, T. C. B. ; CAFFARENA, E. R. ; ALVES, C. R.. In silico predicted epitopes from the COOH-terminal extension of cysteine proteinase B inducing distinct immune responses during Leishmania (Leishmania) amazonensis experimental murine infection. BMC immunology (Online). v. 12, p. 44, issn: 1471-2172, 2011.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
37. MARTINS, J. H. ; DARDENNE, L. E. ; SAVINO, W. ; CAFFARENA, E. R.. Analysis of alpha4beta1integrin specific antagonists binding modes: Structural Insights by Molecular Docking, Molecular Dynamics and Free Energy Calculation. Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso). v. 21, p. 546-555, issn: 0103-5053, 2010.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
38. FAISCA DUARTE, D. ; DE MAGALHÃES, C. S. ; MOL, A. C. A. ; CAFFARENA, E. R.. Estudo de representações em redes neurais para análise da afinidade de ligação de compostos anti-HIV. Learning and Nonlinear Models. v. 8, p. 52-62, issn: 1676-2789, 2010.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
39. VALIENTE, P. A. ; Gil, A. ; BATISTA, P. R. ; CAFFARENA, E. R. ; PONS, T. ; PASCUTTI, P.. New parameterization approaches of the LIE method to improve free energy calculations of PlmII-inhibitors complexes. JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY. v. 31, p. 2723-2734, issn: 0192-8651, 2010.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
40. TEIXEIRA, P. C. N. ; de Souza, Cristina Alves Magalhães ; de Freitas, Mônica Santos ; Foguel, Débora ; CAFFARENA, E. R. ; Alves, Luiz Anastacio. Predictions Suggesting a Participation of ?-Sheet Configuration in the M2 Domain of the P2X7 Receptor: A Novel Conformation?. Biophysical Journal. v. 96, p. 951-963, issn: 0006-3495, 2009.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
41. GONÇALVES, A. D. S ; CAFFARENA, E. R. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo. Dissociation of Molecular Aggregates under High Hydrostatic Pressure: The Influence of Water Structure on Benzene Cluster Solubility. Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso). v. 20, p. 1227-1234, issn: 0103-5053, 2009.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
42. Cunico, Wilson ; Gomes, Claudia R.B. ; Facchinetti, Victor ; Moreth, Marcele ; Penido, Carmen ; Henriques, Maria G.M.O. ; Varotti, Fernando P. ; Krettli, Luisa G. ; Krettli, Antoniana U. ; da Silva, Franklin S. ; CAFFARENA, E. R.. Synthesis, antimalarial evaluation and molecular modeling studies of hydroxyethylpiperazines, potential aspartyl protease inhibitors, Part 2. European Journal of Medicinal Chemistry. v. 44, p. 3816-3820, issn: 0223-5234, 2009.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
43. Chara, Osvaldo ; McCarthy, Andrés N. ; Ferrara, C. Gastón ; Caffarena, Ernesto R. ; Grigera, J. Raúl ; CAFFARENA, E. R.. Water behavior in the neighborhood of hydrophilic and hydrophobic membranes: Lessons from molecular dynamics simulations. Physica. A (Print). v. 388, p. 4551-4559, issn: 0378-4371, 2009.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
44. Pita, S. R ; CAFFARENA, E. R. ; Fernandes, Tácio Vinício Amorim ; PASCUTTI, Pedro Geraldo. Studies of molecular docking between fibroblast growth factor and heparin using generalized simulated annealing. International Journal of Quantum Chemistry. v. 108, p. 2608-2614, issn: 0020-7608, 2008.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
45. Oliveira, Fernanda G. ; Sant Anna, Carlos M.R. ; Caffarena, Ernesto R. ; Dardenne, Laurent E. ; BARREIRO, Eliezer J. ; CAFFARENA, E. R.. Molecular docking study and development of an empirical binding free energy model for phosphodiesterase 4 inhibitors. BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY. v. 14, p. 6001-6011, issn: 0968-0896, 2006.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
46. CAFFARENA, E. R.. Elastic properties, Young's modulus determination and structural stability of the tropocollagen molecule: a computational study by steered molecular dynamics. Journal of Biomechanics. v. 38, p. 1527-1533, issn: 0021-9290, 2005.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
47. Caffarena, Ernesto Raúl ; Lorenzo, Alicia Claudia ; CAFFARENA, E. R.. Conformational and dynamical properties of the niruriside in aqueous solution: a molecular dynamics approach. Journal of Molecular Structure. Theochem (Print). v. 714, n. 2-3, p. 189-197, issn: 0166-1280, 2005.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
48. CAFFARENA, E; GRIGERA, J. On the hydrogen bond structure of water at different densities. Physica. A (Print). v. 342, p. 34-39, issn: 0378-4371, 2004.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
49. CAFFARENA, E. R.; GRIGERA, J. R. ; BISCH, Paulo M.. Stochastic molecular dynamics of peanut lectin PNA complex with T-antigen disaccharide. Journal of Molecular Graphics & Modelling. v. 21, p. 227-240, issn: 1093-3263, 2002.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
Livros publicados/organizados ou edições (0)
Capítulos de livros publicados (3)
1. SANTOS, L. H. ; FERREIRA, R. S. ; CAFFARENA, ERNESTO. Integrating Molecular Docking and Molecular Dynamics Simulations. Em: Walter Filgueira de Azevedo Jr.. (Org.). Docking Screens for Drug Discovery (Methods in Molecular Biology). 1ed. 2019.v. 2053, p. 1.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
2. CAFFARENA, E. R.; GRIGERA, J. R.. Hydration of carbohydrates. Em: Hugo Verli. (Org.). Strategies for the Determination of Carbohydrates Structure and Conformation. Kerala, India. : Transworld Research Network. 2010.v. 85, p. 101.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
3. VALENTE, R. H. ; FERREIRA, A. G. C. N. ; CAFFARENA, E. R. ; DOMONT, G. B. ; PERALES, J.. Snake Venom Metalloproteinase Inhibitors (SVMPIs): an overview and future perspectives. Em: Maria Elena De Lima; Adriano M. C. Pimenta; Marie France Martin-Eauclaire; Russolina Zingali.. (Org.). ANIMAL TOXINS: STATE OF THE ART. Perspectives on Health and Biotechnology (NO PRELO). Belo Horizonte. : UFMG. 2008..
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
Textos em jornais de notícias/revistas (0)
Trabalhos completos publicados em anais de congressos (3)
1. SOARES, RAFAEL FERREIRA ; DA SILVA, FABRÍCIO ALVES BARBOSA ; GUIMARÃES, ANA CAROLINA RAMOS ; CAFFARENA, ERNESTO RAUL. The influence of the pentose?s pathway of the Clostridium Acetobutylicum on the production of butanol: Insights from mathematical modeling. Em: INTERNATIONAL CONFERENCE OF COMPUTATIONAL METHODS IN SCIENCES AND ENGINEERING 2016 (ICCMSE 2016), v. 1790, p. 100011, 2016.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
2. DUVAL, FELIPE ; CAFFARENA, ERNESTO ; JEZUZ, MILENE ; SILVA, FABRICIO ; G. CRUZ, OSWALDO ; BARÇANTE, EDUARDO. Identifying Drug Repositioning Targets using Text Mining. Em: International Conference on Knowledge Discovery and Information Retrieval, p. 348, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
3. FAISCA DUARTE, D. ; DE MAGALHÃES, C. S. ; MOL, A. C. A. ; CAFFARENA, E. R.. REDES NEURAIS PARA ANÁLISE DA AFINIDADE DE LIGAÇÃO DE COMPOSTOS ANTI-HIV. Em: IX Congresso Brasileiro de Redes Neurais / Inteligência Computacional (IX CBRN), 2009.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
Resumos expandidos publicados em anais de congressos (0)
Resumos publicados em anais de congressos (76)
1. SANTOS, L. H. ; WALDNER, B. J. ; FUCHS, J. E. ; PEREIRA, G. A. N. ; LIEDL, K. R. ; CAFFARENA, ERNESTO ; FERREIRA, R. S.. Investigation of the Dynamic and Energy Behavior of Bezimidazole Inhibitors against Trypanosomal Cysteine Proteases. Em: XLIII Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2018, Santos, SP. Livro de resumos, 2018.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
2. SILVA, V. S. ; VERGARA, F. ; HENRIQUES, M. G. ; CAFFARENA, ERNESTO. Analysis in silico between NF-kB and Thiophenoacetamide. Em: XLIII Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2018, Santos, SP. Livro de resumos, 2018.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
3. SOARES, R. F. ; GUIMARAES, A. C. R. ; CAFFARENA, ERNESTO. An in silico alternative method to find and understand important residues of catalytic binding sites in Ribose-5-Phosphate Isomerase B from T.cruzi. Em: XLIII Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2018, Santos, SP. Livro de resumos, 2018.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
4. DIAS, A. H. S. ; ARAUJO, A. S. ; MARTINS, J. H. ; CAFFARENA, ERNESTO. The adaptive biasing force method applied to study the antibody-antigen molecular interactions. Em: XLIII Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2018, Santos, SP. Livro de resumos, 2018.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
5. AMUNDARAIN, M. J. ; DIAS, A. H. S. ; CAFFARENA, ERNESTO ; COSTABEL, M.. Adaptive Biasing Force method applied to the study of the interaction of GABA A Rs and benzodiazepines. Em: XLVII Reunión anual SAB, 2018, La Plata, Argentina. Livro de resumos, 2018.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
6. MARTINS, R. S. ; TORRES, P. H. M. ; REIS, J. R. ; CAFFARENA, ERNESTO. Molecular Modeling of GABAA receptor in complex with Palladium-Benzodiazepines derivatives. Em: XLII Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2017, Santos, SP. Livro de resumos, 2017.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
7. DIAS, A. H. S. ; de Araujo, A.S. ; MARTINS, J. H. ; CAFFARENA, ERNESTO. Protein-peptide Dissociation Studied Using The Adaptive Biasing Force Method. Em: XLII Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica, 2017, Santos, SP. Livro de resumos, 2017.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
8. SOARES, R. F. ; GUIMARAES, A. C. R. ; CAFFARENA, ERNESTO. Study of the molecular interaction between calalytic binding site residues of Ribose 5 Phosphate isomerase and D-ribose-5-phosphate. Em: IV Escola Brasileira de Modelagem Molecular, 2017, Santo André, SP. Livro de resumos, 2017.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
9. SILVA, V. S. ; VERGARA, F. ; HENRIQUES, M. G. ; CAFFARENA, ERNESTO. Molecular interactions between NF-kB and thiophenoacetamide using in silico approaches. Em: IV Escola Brasileira de Modelagem Molecular, 2017, Santo André, SP. Livro de resumos, 2017.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
10. SILVA, V. S. ; VERGARA, F. ; Henriques, Maria G.M.O. ; CAFFARENA, E. R.. Molecular interactions between NF-κB and TB inhibitor Thiopheneacetamide: A computational study. Em: X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte, MG. Livro de resumos, 2016.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
11. SOARES, R. F. ; GUIMARAES, A. C. R. ; CAFFARENA, E. R.. Identification of druggable binding sites in ribose-5-phosphate isomerase of T. cruzi. Em: X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte, MG. Livro de resumos, 2016.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
12. SANTOS, D. A. ; PASSETTI, F. ; CAFFARENA, E. R.. Human riboswitch: are we close to predict it?. Em: X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte, MG. Livro de resumos, 2016.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
13. SANTOS, L. H. ; FERREIRA, RAFAELA SALGADO ; CAFFARENA, E. R.. Selecting structure-based virtual screening hits using chemoinformatics tools: a case study with HIV-1 reverse transcriptase. Em: X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C, 2016, Belo Horizonte, MG. Livro de resumos, 2016.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
14. SILVA, R. E. ; CAFFARENA, ERNESTO ; GRIGERA, J. R.. Essential dynamics of cold denaturation proteins: Model frataxin Yfh1. Em: VI Argentinian Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2015, Bahia Blanca, Buenos Aires.. Livro de resumos, 2015.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
15. SILVA, R. E. ; Caffarena, Ernesto Raúl ; GRIGERA, J. R.. Conformational analysis of cold denaturation of Frataxin Yfh1. Em: XLIV Reunión Anual SAB 2015., 2015, Santiago del Estero, Argentina. Livro de resumos, 2015.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
16. SILVA, R. E. ; CAFFARENA, ERNESTO ; GRIGERA, J. R.. Free energy profile and structural organization of surfactant aggregates under high pressure. Em: VIII PosLatAm Course, 2015, Salto, Uruguay. Livro de resumos, 2015.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
17. SILVA, P. V. B. ; CAFFARENA, E. R. ; BATISTA, P. R. ; PENIDO, C.. Gedunin impairs toll-like receptor 4/MD-2 signaling. Em: Brazilian Congress on Pharmacology and Experimental Therapeutics, 2014, Fortaleza, CE.. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
18. SILVA, P. V. B. ; BATISTA, P. R. ; CAFFARENA, E. R. ; PENIDO, C.. Gedunin impairs LPS-induced Toll-Like receptor 4 signaling in macrophages. Em: 17th World Congress of Basic and Clinical Pharmacology (WCP2014), 2014, Cape Town, SA. Abstract Book, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
19. PEREIRA, J. C. ; SANTOS, C. N. ; CAFFARENA, E. R.. A Virtual Screening Rescoring Scheme Based on Deep Learning. Em: ISCB-LA/X-MEETING/BSB/SolBio, 2014, Belo Horizonte, MG.. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
20. Hammes, A ; ALVES, C. R. ; CAFFARENA, E. R.. Comparative modelling and structural analysis of metalloproteinase of Leishmania (Viannia) braziliensis. Em: ISCB-LA/X-MEETING/BSB/SoiBio, 2014, Belo Horizonte, MG.. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
21. Hammes, A ; ALVES, C. R. ; CAFFARENA, E. R.. Modelagem comparativa de metalo proteinases de Leishmania (Viannia) brasiliensis. Em: V Simpósio de Estrutura Eletrônica e Dinâmica Molecular, 2014, Pirenópolis, GO.. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
22. CAFFARENA, ERNESTO; SILVA, FABRÍCIO ; DUVAL, FELIPE ; CRUZ, OSWALDO. Mining for Adverse Drug Events on Twitter. Em: International Conference on Knowledge Discovery and Information Retrieval, 2014, p. 354, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
23. SILVA, V. S. ; SANTOS, L. H. ; MACEDO, M. G. ; BOECHAT, N. ; CAFFARENA, E. R.. Molecular Docking and ADME-Tox prediction of new plausible HIV-1 nucleoside reverse transcriptase inhibitors. Em: ISCB-LA/X-MEETING/BSB/SoiBio, 2014, Belo Horizonte, MG.. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
24. SILVA, V. S. ; SANTOS, L. H. ; MACEDO, M. G. ; BOECHAT, N. ; CAFFARENA, E. R.. In silico evaluation of new HIV-1 reverse transcriptase inhibitors using methodologies molecular docking and ADME-Tox prediction. Em: 7° Simpósio Brasileiro em Química Medicinal - BrazMedChem, 2014, Campos do Jordão, SP. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
25. SANTOS, D. A. ; ALVES, C. R. ; CAFFARENA, E. R.. Proposição de modelos tridimensionais da extensão COOH-terminal da cisteíno-proteinase B de Leishmania (Leishmania) amazonensis. Em: V Simpósio de Estrutura Eletrônica e Dinâmica Molecular, 2014, Pirenópolis, GO.. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
26. SANTOS, D. A. ; ALVES, C. R. ; CAFFARENA, E. R.. Force field influence on peptides dynamics: an analysis of three-dimensional models of C-terminal extension of cysteine protease B of Leishmania (L.) amazonensis. Em: ISCB-LA/X-MEETING/BSB/SoiBio, 2014, Belo Horizonte, MG.. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
27. CASTILHO, V. V. ; CAFFARENA, E. R. ; GUIMARAES, A. C. R.. Virtual screening aiming to the identification of inhibitors against ribose 5-phosphate isomerase from Trypanosoma cruzi. Em: ISCB-LA/X-MEETING/BSB/SoiBio, 2014, Belo Horizonte, MG.. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
28. CASTILHO, V. V. ; GUIMARAES, A. C. R. ; CAFFARENA, E. R.. Identification of cytotoxic substances to Trypanosoma cruzi in Chagas disease chemotherapy. Em: 7° Simpósio Brasileiro em Química Medicinal - BrazMedChem, 2014, Campos do Jordão, SP. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
29. SANTOS, L. H. ; SILVA, V. S. ; COSTA, F. M. ; CAFFARENA, E. R. ; FERREIRA, R. S.. Recognition of a suitable receptor structure for the virtual screening of novel HIV-1 reverse transcriptase inhibitor. Em: ISCB-LA/X-MEETING/BSB/SoiBio, 2014, Belo Horizonte, MG.. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
30. SANTOS, L. H. ; SILVA, V. S. ; COSTA, F. M. ; CAFFARENA, E. R. ; FERREIRA, R. S.. Approach to identify an HIV-1 reverse transcriptase structure suitable to virtual screening of novel non-nucleoside inhibitors. Em: 7° Simpósio Brasileiro em Química Medicinal - BrazMedChem, 2014, Campos do Jordão, SP. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
31. MACHADO, L. A. ; COSTA, M. G. S. ; CAFFARENA, E. R. ; BATISTA, P. R.. Close correspondence between flexibility profiles derived from normal mode analysis and experimental data from hydrogen/deuterium exchange rates for a set of different proteins. Em: 2nd French-Brazilian Symposium on Biosciences, 2014, Rio de Janeiro, RJ. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
32. MACHADO, L. A. ; COSTA, M. G. S. ; CARVALHO, L. M. ; BASTOS, L. S. ; CAFFARENA, E. R. ; Batista, Paulo R.. A Statistical Model for prediction of hydrogen/deuterium exchange based on data from Normal Mode Analysis. Em: ISCB-LA/X-MEETING/BSB/SoiBio, 2014, Belo Horizonte, MG.. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
33. BARCANTE, E. ; JEZUZ, M. P. G. ; CAFFARENA, E. R. ; CRUZ, O. G. ; SILVA, FABRICIO. Identifying Drug Repositioning Targets Using Text Mining. Em: International Society for Computational Biology Latin America X-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio (ISCB-Latin America), 2014, Belo Horizonte, MG. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
34. SOARES, R. F. ; TEIXEIRA, P. C. N. ; CAFFARENA, E. R.. Estudos sobres o comportamento dinamico do receptor P2X7 humano através de modelagem comparativa e dinâmica molecular. Em: ISCB-LA/X-MEETING/BSB/SoiBio, 2014, Belo Horizonte, MG.. Livro de resumos, 2014.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
35. SANTOS, D. A. ; CAFFARENA, E. R. ; ALVES, C. R.. Three-dimensional solution of C-terminal extension of cysteine proteinase B of Leishmania (Leishmania) amazonensis. Em: X-meeting/BSB 2013 Conference, 2013, Recife, PE.. Livro de resumos, 2013.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
36. BRANDT, A. A. M. L. ; BATISTA, P. R. ; SOUZA DA SILVA, F. ; ALVES, C. R. ; CAFFARENA, E. R.. Using metadynamics simulations to predict the binding affinity between major histocompatibility complex class I and peptides derived from C-terminal extension of cysteine proteinase B of Leishmania (Leishmania) amazonensis. Em: X-meeting/BSB 2013 Conference, 2013, Recife, PE.. Livro de resumos, 2013.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
37. SOARES, R. F. ; TEIXEIRA, P. C. N. ; CAFFARENA, E. R.. Estudo sobre a estrutura 3D do receptor P2X7 humano. Em: X-meeting/BSB 2013 Conference, 2013, Recife, PE.. Livro de resumos, 2013.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
38. SOARES, R. F. ; TEIXEIRA, P. C. N. ; CAFFARENA, E. R.. Construção de um cluster SMP Diskless e Dinâmica Molecular de modelo de bicamada lipidica. Em: XXVIII Reunião Anual da Federação de Sociedades de Biologia Experimental - FeSBE, 2013, Caxambú, MG.. Livro de resumos, 2013.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
39. Hammes, A ; MAGALHÃES, Camila Silva de ; CUNICO, W. ; Gomes, Claudia R.B. ; CAFFARENA, E. R.. In silico screening of multivalent inhibitors against isoforms of serine hydroxymethil transferase in Leishmania (Viannia) brazilienzis. Em: 6 Simpósio Brasileiro de Quimica Medicinal Brazmedchem, 2012, Canela, RS. Livro de resumos, 2012.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
40. MAIA, A. M. ; CAFFARENA, E. R. ; ABDELHAY, E.. Molecular modeling of Twist1 - a metastasis biomarker. Em: Signaling in Cell Death, Cancer and the Immune System, 2010, Mangaratiba,RJ. Einstein. São Paulo: Editora Parma, v. 8, p. S42-S43, 2010.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
41. MAIA, A. M. ; MARTINS, J. H. ; CAFFARENA, E. R. ; ABDELHAY, E.. Structure and molecular dynamics of metastasis biomarker TWIST1. Em: 21st Meeting of the European Association for Cancer Research, 2010, Oslo, Noruega. European Journal of Cancer. Oxford: Elsevier, p. 45-46, 2010.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
42. CAFFARENA, E. R.; CARLEVARO, C. M. ; SAVINO, W.. Binding mode of a highly potent and orally active a4b1 antagonist determined by Free Energy Calculations. Em: Brazmedchem, 2010, Ouro Preto. Livro de resumos, 2010.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
43. Hammes, A ; DE MAGALHÃES, C. S. ; GOMES, C. R. B. ; CAFFARENA, E. R.. Molecular Docking Studies of New Potential Antimalarial Inhibitors. Em: Brazmedchem 2010, 2010, Ouro Preto. Livro de resumos, 2010.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
44. PEREIRA, B. ; SOUZA DA SILVA, F. ; BENÉVOLO-DE-ANDRADE, T. C. ; CAFFARENA, E. R. ; ALVES, C. R.. Cytokines expression promoted by epitopes from Cysteina Proteinase B of Leishmania (Leishmania) amanzonensis in murine cell cultures. Em: XXXV Congresso da Sociedade Brasileira de Imunologia, 2010, Porto Alegre, RS. Livro de resumos, 2010.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
45. SILVA, João Herminio Martins da ; HAHNE, M. ; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de ; SAVINO, W. ; CAFFARENA, E. R.. Application of computational alanine scanning, linear interaction energy and molecular dynamics as suitable tools for designing specific peptide inhibitors of APRIL-TACI complexes. Em: VII Ibero american congress of Biophysics, 2009, Búzios, RJ. Livro de resumos, 2009.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
46. VALIENTE, P. A. ; BATISTA, P. R. ; CAFFARENA, E. R. ; PONS, T. ; PASCUTTI, P.. Improving Free energy calculations of PlmII-inhibitors complexes with LIE method by combining betaFEP and alpha variable parameters. Em: VII Ibero American Congress of Biophysics, 2009, Búzios, RJ. Livro de resumos, 2009.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
47. MAGALHÃES, Camila Silva de ; MORETH, M. ; GOMES, C. R. B. ; CUNICO, W. ; CAFFARENA, E. R.. Molecular docking for design of new plasmepsin II compounds. Em: VII Ibero American Congress of Biophysics, 2009, Búzios, RJ. Livro de resumos, 2009.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
48. MAIA, A. M. ; CAFFARENA, E. R. ; ABDELHAY, E.. Molecular modeling of Twist1 - a metastasis biomarker. Em: XXXVIII Annual Meeting of SBBq, 2009, Águas de Lindóia. Anais da Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2009.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
49. PEREIRA, B. ; SOUZA DA SILVA, F. ; REBELLO, K. ; CAFFARENA, E. R. ; ALVES, C. R.. MHC-Binding Peptides from Leishmania SPP Cysteine-Protease B COOH- Terminal Region: In silico selection and molecular docking study. Em: 33rd FEBS Congress and 11th IUBMB Conference, 2008, Atenas. Livro de resumos, 2008.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
50. CAFFARENA, E. R.; MARTINS, J. H. ; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de ; Fernandez Zabalegui, L. ; SAVINO, W. ; HAHNE, M.. Dois Ligantes competitivos para um mesmo receptor: Dinâmica molecular do receptor TACI e os ligantes APRIL e BLYS. Em: VI Bienal de Pesquisa FIOCRUZ, 2008, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2008.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
51. FAISCA DUARTE, D. ; DE MAGALHÃES, C. S. ; CAFFARENA, E. R.. Redes Neurais para Predição da Afinidade de Ligação de Compostos Anti-HIV. Em: XVI Reunião Anual de Iniciação Científica - RAIC. FIOCRUZ, 2008, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2008.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
52. PEREIRA, B. ; SOUZA DA SILVA, F. ; BENÉVOLO-DE-ANDRADE, T. C. ; BERTHO, A. L. ; CAFFARENA, E. R. ; ALVES, C. R.. Leishmania (L.) amazonensis cysteine-proteinase B COOH-terminal region epitopes: interaction with MHC I molecule from CBA mice and in vitro/in vivo effects. Em: XXIV Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology XXXV Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease, 2008, Águas de Lindóia. Livro de resumos, p. 145-146, 2008.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
53. CAFFARENA, E. R.; MAGALHÃES, Camila Silva de ; SOUZA DA SILVA, F. ; MORETH, M. ; CUNICO, W. ; GOMES, C. R. B. ; FACCHINETTI LUZ, V.. Hydroxyethylpiperazines as Potential Aspartyl Protease Inhibitors: A molecular modeling study. Em: Brazmedchem, 2008, Porto de Galinhas, PE. Livro de resumos, 2008.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
54. PEREIRA, E. G. ; CAFFARENA, E. R. ; MOREIRA, M. A. M.. Prediction of relative free energy binding of Imatinib to BCR-ABL using Linear Interaction Energy (LIE) method. Em: Brazmedchem 2008, 2008, Porto de Galinhas, PE. Livro de resumos, 2008.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
55. VALIENTE, P. A. ; BATISTA, P. R. ; CAFFARENA, E. R. ; LOPEZ, M. ; PONS, T. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo. Differential binding modes of Plasmepsin II against specific and non-specific inhibitors: Molecular Dynamic Simulation Studies. Em: X-meeting 2007 - Third International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo, SP. Livro de resumos, 2007.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
56. DE MAGALHÃES, C. S. ; SOUZA DA SILVA, F. ; CUNICO, W. ; GOMES, C. R. B. ; CAFFARENA, E. R. ; WARDELL, S. M. S. V.. Molecular Docking Studies of New HIV-1 Protease Inhibitors using a multi-solution genetic algorithm strategy. Em: X-meeting 2007 - Third International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo, SP. Livro de resumos, 2007.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
57. GONÇALVES, A. D. S ; CAFFARENA, E. R. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo. Hydrophobic effect and dissociation of benzene aggregates in water under high hydrostatic pressure. Em: European Biophysics Congress, 2007, Londres. Abstract Book, 2007.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
58. CAFFARENA, E. R.; Da Silva, E. F. ; Rebello, F ; Carvalho, S. A.. Beta cyclodextrin as a molecular carrier for megazol. A study performed by molecular dynamics simulations and 1H NMR spectroscopy. Em: XIV Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2007, Poços de Caldas. Livro de resumos, 2007.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
59. SILVA, João Herminio Martins da ; DARDENNE, L. E. ; SAVINO, W. ; CAFFARENA, E. R.. Interactions Between Extracellular Matrix Receptors VLA-1 and VLA-4 and Specific Inhibitors: Molecular Modeling Studies. Em: XIII Congresso da Sociedade Brasileira de Biologia Celular - IX Simpósio Brasileiro de Matriz Extracelular - IV International Symposium on Extra Cellular Matrix, 2006, Buzios, RJ. Livro de resumos, 2006.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
60. CAFFARENA, E. R.; SANT'ANNA, Mauricio Rebello ; DARDENNE, L. E.. Computational Calculations of R, S Rolipram Affinities for The PDE4B Enzyme. Em: Workshop on Biocalorimetry and Biological Thermodynamics (WBBT 2006), 2006, Rio de Janeiro, 2006.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
61. SILVEIRA, Aline Rossi da ; FERNÁNDEZ, Jorge Hernández ; CAFFARENA, E. R. ; SAVINO, W. ; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de. Structural model for alpha6beta1 integrin and dynamics of interaction with small ECD based ligands. Em: In-Silico Analysis of Proteins Celebrating the 20th anniversary of Swiss-Prot, 2006, Fortaleza,CE. Livro de resumos, 2006.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
62. CAFFARENA, E. R.; MARTINS, J. H. ; DARDENNE, L. E. ; SAVINO, W.. Molecular interactions between VLA-4 integrin and specific inhibitors. Em: First African Structural Biology Conference, 2006, The Wilderness - South Africa. Livro de resumos, 2006.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
63. SILVEIRA, Aline Rossi da ; FERNÁNDEZ, Jorge Hernández ; VASCONCELOS, Ana Tereza Ribeiro de ; CAFFARENA, E. R.. Análise comparativa estrutural de inibidores peptidicos de integrina. Em: III Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos, 2006, Petrópolis, RJ. Livro de resumos, 2006.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
64. SILVA, João Herminio Martins da ; ROSSLE, Shaila ; SAVINO, W. ; CAFFARENA, E. R.. Comparative Modeling of the Quaternary Structure of the Integrin 4 1 (VLA-4). Em: 1a Conferência da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005, Caxambu, Minas Gerais. Livro de resumos, 2005.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
65. OLIVEIRA, Fernanda Guedes ; SANTANNA, C. M. ; CAFFARENA, E. R. ; DARDENNE, L. E. ; BARREIRO, Eliezer J.. Estudo de Docking do Perfil de Interação de Fosfodiesterase 4 com seus Inibidores. Em: XXVI Congreso Latinoamericano de Química e 27a Reunião Anual da Sociedade Brasileira, 2004, Salvador, BA. Livro de resumos, 2004.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
66. OLIVEIRA, Fernanda Guedes ; SANTANNA, C. M. ; DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, E. R. ; BARREIRO, Eliezer J.. Estudo Semi-Empírico do Modo de Interação de Inibidores com a Enzima Fosfodiesterase 4. Em: II Escola De Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos, 2004, Petrópolis, RJ. Livro de Resumos, 2004.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
67. CAFFARENA, E. R.; OLIVEIRA, Fernanda Guedes ; SANTANNA, C. M. ; DARDENNE, L. E. ; BARREIRO, Eliezer J.. Theoretical determination of Rolipram affinity for Phosphodiesterase 4 by Free Energy Perturbation Method. Em: II Simpósio Brasileiro em Química Medicinal, 2004, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2004.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
68. OLIVEIRA, Fernanda Guedes ; CAFFARENA, E. R. ; SANTANNA, C. M. ; DARDENNE, L. E. ; BARREIRO, Eliezer J.. Molecular modeling Study of the interaction profileof phosphodiesterase 4 and its inhibitors. Em: II Simpósio Brasileiro em Química Medicinal, 2004, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2004.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
69. LORENZO, A. C. ; CAFFARENA, E. R.. Niruriside: Um potencial composto antiviral contra a infecção pelo HIV-1. Estudo por Dinâmica Molecular da suas propriedades estruturais e de hidratação. Em: IV Bienal de pesquisa da fundação Oswaldo Cruz, 2004, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2004.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
70. LORENZO, A. C. ; CAFFARENA, E. R.. Mechanical Properties of a Collagen-Like Molecule Studied By Steered Molecular Dynamics. Em: V Congresso Ibero-americano de Biofísica., 2003, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2003.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
71. ROSSLE, Shaila ; CAFFARENA, E. R. ; DARDENNE, L. E. ; BISCH, P. M.. Study Of T-Cell Receptor/Superantigen Interaction By Computational Analysis. Em: V Congresso Ibero-americano de Biofísica, 2003, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2003.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
72. CAFFARENA, E. R.; GRIGERA, J. R.. Perturbación estructural del agua por sustancias no polares: efectos de la presión. Em: Reunião anual da Asossiação de Física de Argentina, 2003, San Carlos de Bariloche. Livro de resumos, 2003.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
73. CAFFARENA, E. R. Conformational and dynamical properties of niruriside in aqueous solution. A molecular dynamics approach. Em: I Workshop de modelagem molecular da Amazônia, 2003, Belem do Pará. Livro de resumos, 2003.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
74. CAFFARENA, E. R.; LORENZO, A. C. ; SCHECHTMAN, H.. Dinâmica Molecular forçada aplicada ao estudo de amostras de colágeno em solução. Em: III Bienal de Pesquisa, 2002, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2002.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
75. BARBOSA, F. P. ; GOMES, L. P. ; CAFFARENA, E. R.. Docking Molecular de glicosaminoglicanos em amostras de colágeno. Em: X Reunião Anual de iniciação Científica, 2002, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2002.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
76. GOMES, B. C. ; BISCH, Paulo M. ; CAFFARENA, E. R.. Interações lectinas ? carboidratos: Cálculos de constantes de afinidade utilizando o método computacional de perturbação termodinâmica. Em: XXIII Jornada de Iniciação Científica e XIII Jornada de Iniciação Artística e Cultural. Universidade Federal do Rio de Janeiro, 2002, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2002.
  [ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
Artigos aceitos para publicação (0)
Apresentações de trabalho (16)
1. CAFFARENA, E. R. Métodos de amostragem melhrada para o cálculo computacional de energia livre. Aplicação a doenças negligenciadas. 2016. Apresentação de Trabalho/Seminário
2. CAFFARENA, E. R. Estudo computacional da interação entre as proteínas do MHC e epítopos derivados da extensão terminal da cisteíno-proteinase B de Leishmania amazonensis: Revelações através da Metadinâmica. 2013. Apresentação de Trabalho/Seminário
3. CAFFARENA, E. R. Introdução à Dinâmica Molecular. 2013. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
4. CAFFARENA, E. R. Dinâmica Molecular aplicada ao estudo de sistemas biológicos. 2011. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
5. CAFFARENA, E. R. Métodos de Predição de Estruturade produtos de sequenciamento e análise estrutural. 2010. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
6. CAFFARENA, E. R. Exemplo de como trabalhar com baixa identidade de sequencias de proteínas. 2010. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
7. CAFFARENA, E. R.; MARTINS, J. H.. Estudo de Proteínas Selecionadas aplicando o software Modeller. 2010. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
8. CAFFARENA, E. R. Aplicações da modelagem molecular a sistemas biológicos. 2009. Apresentação de Trabalho/Seminário
9. CAFFARENA, E. R. Modelagem Molecular de Proteínas - Dinâmica Molecular. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
10. CAFFARENA, E. R. Cálculo da energia livre de interação entre biomoléculas. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
11. CAFFARENA, E. R. Cálculo de Energia Livre utilizando Dinâmica Molecular. 2008. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
12. CAFFARENA, E. R. Mini curso prático sobre Método LIE (Linear Interaction Energy) para cálculo de energia livre. 2008. Apresentação de Trabalho/Outra
13. CAFFARENA, E. R. Searching for APRIL inhibitors. 2007. Apresentação de Trabalho/Seminário
14. CAFFARENA, E. R.; MARTINS, J. H.. Molecular Modeling of integrins. 2005. Apresentação de Trabalho/Seminário
15. CAFFARENA, E. R. Bioinformática e suas aplicabilidades. 2005. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
16. CAFFARENA, E. R. Dinamica Molecular. 2003. Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra
Demais tipos de produção bibliográfica (0)

Produção técnica

Programas de computador com registro de patente (0)
Programas de computador sem registro de patente (0)
Produtos tecnológicos (0)
Processos ou técnicas (0)
Trabalhos técnicos (0)
Demais tipos de produção técnica (4)
1. CAFFARENA, E. R.; MARTINS, J. H. ; SOUZA DA SILVA, F.. Minicurso prático de Dinâmica Molecular Básica. 2010. Curso de curta duração ministrado/Outra
  [ busca Google | busca Bing ]
2. CAFFARENA, E. R.; MARTINS, J. H. ; ROSSLE, Shaila. Curso de Especialização de nível técnico em biologia parasitária e biotecnologia. 2005. Curso de curta duração ministrado/Especialização
  [ busca Google | busca Bing ]
3. SOUZA, E. R. ; CAFFARENA, E. R. ; DARDENNE, L. E. ; BISCH, Paulo M. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo ; ROSSLE, Shaila. Dinâmica Molecular. 2004. Curso de curta duração ministrado/Especialização
  [ busca Google | busca Bing ]
4. CAFFARENA, E. R. Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2003. Curso de curta duração ministrado/Extensão
  [ busca Google | busca Bing ]

Produção artística

Total de produção artística (0)

Orientações em andamento

Supervisão de pós-doutorado (1)
1. Deborah Antunes. . Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.. Início: 2019.
  Supervisor: Ernesto Raúl Caffarena.
Tese de doutorado (2)
1. Ronald Sodré Martins. Identificação in silico do perfil de novos receptores que os psicodélicos clássicos possuem afinidade. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2019.
  Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
2. Valdemir Custodio de Vargas Junior. Estudo das propriedades dinâmicas, transporte e comunicação da pesticina em bactérias do tipo Gram Negativas. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2018.
  Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Dissertação de mestrado (2)
1. Fernando Augusto Teixeira Pinto Meireles. Estudo in silico das interações de VIP e PACAP com seus receptores de membrana visando à otimização de peptídeos para inibção de HIV-1 em macrófagos. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2019.
  Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
2. Lucas Tricarico Barcellos. Análise do impacto funcional de mutações em NFKBIA descritas em pacientes com displasia ectodérmica com imunodeficiência.. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Início: 2018.
  Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (1)
1. Matheus Henrique Figueiredo Reis. Estudos de afinidade de ligantes da proteína receptora endocanabinóide CB2 por métodos computacionais. . Início: 2018.
  Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Orientações de outra natureza (0)

Supervisões e orientações concluídas

Supervisão de pós-doutorado (2)
1. Pedro Henrique Monteiro Torres. . Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
  Supervisor: Ernesto Raúl Caffarena.
2. Carlos Manuel Carlevaro. . Insituto de Física de Líquidos y Sistemas Biológicos, Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia. 2010.
  Supervisor: Ernesto Raúl Caffarena.
Tese de doutorado (12)

Rafael Ferreira Soares. Estudo dos estados de protonação das histidinas catalíticas da enzima Ribose 5-Fosfato Isomerase de Trypanosoma cruzi.. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Vanessa dos Santos Silva. Estudo conformacional e modulação da proteína NF-κB na via de sinalização de processos inflamatórios produzidos pelo complexo Mycobacterium tuberculosis (MTC). Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Deborah Antunes dos Santos. Searching for TPP riboswtich in the human genome and comparison with others frm different species. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2018.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Amanda Sutter de Oliveira Hammes. Estudos de metaloproteases de Leishmania (Viannia) brazilienzis pertencentes ao cromossomo 10 da família M8. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, . 2017.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Janaina Cruz Pereira. Melhoramento de docking-based Virtual Screening usando abordagem de Deep Learning. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Lucianna Helene Santos. Planejamento racional de fármacos aplicado à busca e otimização de inibidores do HIV e doenças de Chagas. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2016.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Artur Brandt. Análise da dissociação entre as proteínas H-2 De classe I e epítopos da extensão COOH terminal da CPB de Leishmania Amazonensis.. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2015.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Franklin Souza da Silva. Desenvolvimento de inibidores das proteinases de Leishmania (Viannia) braziliensis.. Tese (Doutorado em Biologia Parasitária) - Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Oswaldo Cruz. 2014.
Supervisor: Ernesto Raúl Caffarena.
Milene Pereira Guimarães de Jezuz. Mineração de textos científicos visando à identificação de componentes bioativos com potencial terapêutico para o tratamento de Dengue, Malária e Doença de Chagas. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, . 2013.
Supervisor: Ernesto Raúl Caffarena.
Gilberto Ferreira da Silva. Aplicação de descritores topológicos e modelos estatísticos para o potencial descobrimento de antagonistas da integrina alfa4beta1. Tese (Doutorado em Pós-graduação em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, . 2012.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Amanda de Moraes Maia. Modelagem Molecular de TWIST, um marcador de metástase tumoral. Tese (Doutorado em ONCOLOGIA) - Instituto Nacional de Câncer, . 2012.
Supervisor: Ernesto Raúl Caffarena.
Joao Herminio Martins da Silva. Identificação e validação de antagonistas potenciais da APRIL e desenho racional de peptideos. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz, . 2011.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Dissertação de mestrado (13)

Ronald Sodré Martins. Avaliação in sílico da interação entre o receptor GABA-A e matalocompostos derivados de benzodiazepínicos. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2019.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Artur Hermano Sampaio Dias. Estudo da interação molecular do anticorpo 19CC6CG2 com o antígeno BHSAG por métodos computacionais. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. 2019.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Disraeli Cavalcante Araujo Vasconcelos. Desenvolvimento de novos potenciais antagonistas de integrinas da família B1 através de docking molecular e desenho de novo. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2017.
Supervisor: Ernesto Raúl Caffarena.
Rafael Ferreira Soares. Caracterização estrutural e funcional do modelo in silico da proteína de membrana P2X7 humana. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. 2015.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Vanessa dos Santos Silva. Avaliação in silico de novos compostos bioativos para o tratamento da síndrome de imunodeficiência adquirida humana (AIDS): Potenciais inibidores da Transcriptase Reversa (TR) do HIV-1. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2015.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Deborah Antunes dos Santos. Proposição de modelos tridimensionais da extensão COOH-terminal da cisteíno-proteinase B de Leishmania (Leishmania) amazonensis. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, . 2014.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Davi Barroso Alves. Análise espacial da mortalidade de idosos por doenças crônicas no município do Rio de Janeiro. Dissertação (Mestrado em Epidemiologia em Saúde Pública) - Fundação Oswaldo Cruz, . 2013.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Eduardo Barçante. Reposicionamento de fármacos para malária: Um método que identifica alvos no domínio das doenças negligenciadas. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2013.
Supervisor: Ernesto Raúl Caffarena.
Amanda Sutter de Oliveira Hammes. Modelagem molecular de inibidores de aspartil protease: Potencias novos compostos antiimalariais. Dissertação (Mestrado em Pós-graduação em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, . 2012.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Deborah Antunes dos Santos. Proposição de modelos tridimensionais da região C-terminal da cisteíno-proteinase B da Leishmania (Leishmania) Amazonenzis). Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, . 2012.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Franklin Souza da Silva. Fragmento bio-ativo de epítopos de celulas T da região COOH-Terminal da cisteino proteinase de Leishmania (Leishmania). Dissertação (Mestrado em Pós-graduação em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2010.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Elen Pereira Gomes. Estudo Estrutural e Termodinâmico de Mutantes de proteína c-ABL Resistentes ao Imatinib. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. 2009.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Joao Hermínio Martins da Silva. Análise estrutural da integrina a4b1. Estudo por modelagem molecular. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Biofisica) - Instituto de biofísica Carlos Chagas Filho, . 2006.
Supervisor: Ernesto Raúl Caffarena.
Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização (0)
Trabalho de conclusão de curso de graduação (0)
Iniciação científica (2)

Joyce Mattos de Oliveira. Otimização de parâmetros para docking de ligantes em receptores de malária, Plasmepsina II e IV. Iniciação Científica - Fundação Oswaldo Cruz, . 2012.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Davi Faisca Duarte. Redes Neurais para a predição da afinidade de ligação de compostos anti-HIV. Iniciação Científica - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. 2007.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Orientações de outra natureza (2)

Ricardo Yanis Espinosa Silva. Estudo por metadinâmica do desenovelamento em frio de proteínas e estabilidade de agregados lipídicos a altas pressões hidrostáticas. Orientação de outra natureza - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. 2013.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.
Franklin Souza da Silva. Aplicação de metodologias de ?Docking? Receptor-Ligante visando o Desenho Racional de Compostos Protótipos. Orientação de outra natureza - Fundação Oswaldo Cruz, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ. 2007.
Orientador: Ernesto Raúl Caffarena.

Projetos de pesquisa

Total de projetos de pesquisa (16)

2017-Atual. Prospeccao de substancias citotoxicas para Trypanosoma cruzi como alvos para quimioterapia da doenca de Chagas: Abordagens in silico e in vitro
Descrição: Apoio a projetos de Pesquisa / PAPES VII ? FIOCRUZ CNPq. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Ana Carolina Ramos Guimarães - Coordenador.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2017-Atual. Instituto Nacional de Ciencia e Tecnologia em NeuroImunoModulacao (INCT-NIM)
Descrição: O Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em NeuroImunoModulação (INCT-NIM) se insere no Programa de INCT, integrando o conhecimento nas áreas de Imunologia, Endocrinologia, Metabolismo e Neurociência, tanto em condições fisiológicas, quanto patológicas. Sediado no Instituto Oswaldo Cruz (Rio de Janeiro), o INCT-NIM, compreende 15 Grupos de Pesquisa, distribuídos em 11 Instituições, localizadas em 10 Estados da Federação, abrangendo todas as regiões geográficas do País. Além disso, será internacionalizado através de cooperação Sul-Sul e Norte-Sul, assegurada com vários países.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Wilson Savino - Coordenador / João Herminio Martins da Silva - Integrante / Daniela Areas Mendes da Cruz - Integrante / Carla Freire Celedonio Fernandes - Integrante / Juliana de Meis - Integrante / Claudio Tadeu Daniel Ribeiro - Integrante / Bernardo Galvão Castro - Integrante.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2017-Atual. Apoio Emergencial para os Programas e Cursos de Pos-graduacao Stricto Sensu do Estado do Rio de Janeiro - 2017.
Descrição: O objetivo do projeto é dar suporte às atividades do programa, estimulando a realização das atividades científicas com apoio para professores e estudantes do programa.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2016-2017. Apoio Emergencial para os Programas e Cursos de Pos-graduacao Stricto Sensu do Estado do Rio de Janeiro - 2015.
Descrição: O objetivo do projeto é dar suporte às atividades do programa, estimulando a realização das atividades científicas com apoio para professores e estudantes do programa.. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2016-Atual. Pesquisa de novos efetores alostericos para proteinas envolvidas na sinalizacao celular: do uso de simulacoes computacionais a proposta de potenciais farmacos moduladores
Descrição: CAPES/COFECUB Edital #16/2016 Coordenador França: Dr. Nicolas Floquet. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Paulo M. Bisch - Coordenador / Pedro Pascutti - Integrante / Maurício Garcia de Souza Costa - Integrante / Nicolas Floquet - Integrante / Paulo Ricardo Batista - Integrante / David Perahia - Integrante.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2015-Atual. Planejamento racional de inibidores seletivos contra alvos relacionados a doencas infecciosas
Descrição: O projeto envolve o desenvolvimento e utilização de vários métodos teóricos-computacionais, visando o estudo estrutural e funcional de biomoléculas. Os métodos computacionais incluem a Modelagem Molecular e métodos de Bioinformática, aplicados a diversos sistemas biológicos associados a diferentes patologias como AIDS, leishmaniose e câncer. No presente projeto se abordará o estudo de diferentes sistemas de interesse biológico mediante projetos de trabalhos que podem ser associados a duas linhas de pesquisa principais: (1) Reconhecimento molecular, virtual screening, desenho racional de fármacos e (2) Modelagens Matemática e Computacional. Na primeira linha de pesquisa se destacam os seguintes subprojetos: (i) Planejamento racional de novos inibidores das enzimas protease e transcriptase reversa do vírus HIV-1 para o tratamento da Síndrome da Imunodeficiência Adquirida Humana (AIDS). (ii) Planejamento racional de fármacos aplicado à busca e otimização de compostos inibidores de Cruzaína e Rodesaína para tratamento da doença de Chagas. (iii) Modelagem Comparativa de Metalo proteinases de Leishmania (Viannia) braziliensis. Os subprojetos (iv) Melhoramento de Funções de Pontuação em Virtual Screening usando uma técnica de Deep Learning e (v) Modelagem Matemática e Molecular de Candidatos a Riboswitches no Genoma Humano se agrupam na segunda linha.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / Ana Carolina Ramos Guimarães - Integrante / Rafaela Salgado Ferreira - Integrante / Fabio Passetti - Integrante.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2015-Atual. Caracterizacao computacional das interacoes das integrinas da familia Beta1 nao possuidoras do dominio-I com ligantes especificos como suporte ao desenvolvimento de fragmentos scfv para a terapia de doencas associadas a migracao e proliferacao celulares
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Wilson Savino - Integrante / João Herminio Martins da Silva - Coordenador / Marcia Arissawa - Integrante / Marcela Helena Gambim Fonseca - Integrante.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2014-Atual. Criando enzimas mais eficientes para a producao de biocombustiveis usando ferramentas computacionais
Descrição: E-26/110.568/2014. FAPERJ. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Wanderley de Souza - Integrante / Batista, Paulo R. - Coordenador / Pascutti, Pedro G - Integrante / Maurício Garcia de Souza Costa - Integrante.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2014-Atual. Reengenharia de Celulases por metodos computacionais para a melhoria da producao de biocombustiveis de segunda geracao
Descrição: Apoio a Projetos de Pesquisa / MCTI/CNPQ/Universal 14/2014 - Faixa A. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Pedro Pascutti - Integrante / Wanderley de Souza - Integrante / Fernandes, Tácio Vinício Amorim - Integrante / Maurício Garcia de Souza Costa - Integrante / Paulo Ricardo Batista - Coordenador.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2013-2015. Estudo de compostos com potencial farmacologico e vacinal no controle do ciclo de transmissao da Leishmania sp.: Uma abordagem computacional
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) . Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / BATISTA, Paulo Ricardo - Integrante / Franklin Souza da Silva - Integrante / Carlos Roberto Alves - Integrante / Maurício Garcia de Souza Costa - Integrante / artur brandt - Integrante.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2012-2016. Mineracao de textos para a confirmacao de interacoes intermoleculares (proteina-proteina e proteina-ligante) em doencas negligenciadas
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) . Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / Oswaldo Gonçalves Cruz - Integrante / Camila Silva de Magalhães - Integrante / Amanda Sutter de Oliveira Hammes - Integrante / Antônio Basílio de Miranda - Integrante / Milene Pereira Guimarães de Jezuz - Integrante / Artur Antônio Melo de Lira Brandt - Integrante.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2007-2010. Modelagem molecular de interacoes entre proteinas e moleculas bioativas. Desenho Racional de Compostos Prototipos
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) . Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Wilson Savino - Integrante / Camila Silva de Magalhães - Integrante / Michael Hahne - Integrante / CUNICO, Wilson - Integrante / GOMES, Claudia Regina Brandão - Integrante / Carlos Roberto Alves - Integrante.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2007-2009. Identification and evaluation of potential APRIL antagonists.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / Wilson Savino - Integrante / Jorge Hernández Fernández - Integrante / Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos - Integrante / Michael Hahne - Integrante. Financiador(es): Fundação Oswaldo Cruz - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2006-2008. Estrategias Racionais para a Identificacao de Alvos Terapeuticos e o Desenvolvimento de uma Quimioterapia Antiparasitaria
Descrição: Edital/MCT/CNPq/MS-SCTIE-DECIT 25/2006. Processo: 410544/2006-0. Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Wanderley de Souza - Coordenador. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2005-2007. Interacoes Receptor-Ligante. Complexo integrina-colageno e inibidores especificos
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) . Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Coordenador / Shaila Rossle - Integrante / Alicia Claudia Lorenzo - Integrante / João Herminio Martins - Integrante / Wilson Savino - Integrante. Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Universidade Nacional de La Plata - Cooperação.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.
2002-2005. Desenvolvimento de Metodologias de Docking Acopladas a Computacao de Alto Desempenho Visando o desenho racional de Compostos Bioativos
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa. Integrantes: Ernesto Raúl Caffarena - Integrante / Pedro Geraldo Pascutti - Integrante / Paulo Mascarello Bisch - Integrante / Laurent Emmanuel Dardenne - Integrante / Shaila Rossle - Integrante / Alan W. Sousa da Silva - Integrante / Araken dos Santos Wernek - Integrante / Eliezer J. Barreiro - Integrante / Mauricio Rebello Sant'anna - Integrante / Luiz Bevilacqua - Coordenador / Camila Silva de Magalhães - Integrante / Renato Simões Silva - Integrante / Hélio José Correa Barbosa - Integrante / Fernanda Maria Pereira Raupp - Integrante / Carlos Cristiano - Integrante / Ricardo Amorim Abreu - Integrante / Alcino Dall'Igna Júnior - Integrante / Mônica da Luz Carvalho - Integrante / Carlos Alberto Manssour Fraga - Integrante / Cláudio Struchiner - Integrante / Kléber Carlos Mundim - Integrante / Diego Henry BARRETO GOMES - Integrante. Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
Membro: Ernesto Raul Caffarena.

Prêmios e títulos

Total de prêmios e títulos (6)

Melhor pôster no III Simpósio Avançado de Virologia Hermann Schatzmayr, Instituto Oswaldo Cruz.. 2015.
Membro: Ernesto Raúl Caffarena.
Premio Nacional al resultado de la investigación científica, Universidad de La Habana, Cuba.. 2014.
Membro: Ernesto Raúl Caffarena.
Bolsa de Doutorado-Sanduiche reverso (Orientação), FAPERJ.. 2014.
Membro: Ernesto Raúl Caffarena.
Prêmio de Incentivo em Ciência e Tecnologia para o SUS - 2013, Ministério da Saúde.. 2013.
Membro: Ernesto Raúl Caffarena.
Melhor pôster na área de Biologia Estrutural do X-Meeting BSB 2013, AB3C e BSB., AB3C e BSB.. 2013.
Membro: Ernesto Raúl Caffarena.
Bolsa de produtividade em pesquisa nível 2, CNPq, CNPQ.. 2012.
Membro: Ernesto Raúl Caffarena.

Participação em eventos

Total de participação em eventos (28)

RIO?International School of Structural Biology.Hands-on course on Computational calculations of Free Energy. 2018. (Outra).
III Escola de Biofísica Molecular: uma visão interdisciplinar do sistema biológico.Computer Simulation Predictions of Free Energies of Binding of Rhodesain and Cruzain Inhibitors. 2017. (Outra).
Seminário de Acompanhamento das atividades de pesquisa da cooperação IOC-IFAC.Métodos computacionais aplicados ao desenho de fármacos baseados em estrutura. 2016. (Seminário).
37 Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Quimica. Using Metadynamics simulations to predict the binding affinity between peptides and proteins. 2014. (Congresso).
III Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática.Undocking de peptídeos usando simulações por metadinâmica. 2014. (Simpósio).
International Conference on Knowledge Discovery and Information Retrieval. Repositioning Targets using Text Mining. 2014. (Congresso).
International Conference on Knowledge Discovery and Information Retrieval. Mining for Adverse Drug Events on Twitter. 2014. (Congresso).
11th World Congress on Inflammation. Gedunin impairs LPS-induced Toll-Like Receptor 4 signaling in Macrophages. 2013. (Congresso).
FOCEM Course: Introduction to Structural and Bioinformatics.Force Fields and Short Introduction to Molecular Dynamics. 2013. (Oficina).
International Conference of the AB3C Brazilian Symposium of Bioinformaticstics. Three-dimensional solution of C-terminal extension of cysteine proteinase B of Leishmania (Leishmania) amazonensis.. 2013. (Congresso).
International Conference of the AB3C Brazilian Symposium of Bioinformaticstics. Using metadynamics simulations to predict the binding affinity between major histocompatibility complex class I and peptides derived from C-terminal extension of cysteine proteinase B of Leishmania (Leishmania) amazonensis.. 2013. (Congresso).
International Conference of the AB3C Brazilian Symposium of Bioinformaticstics. Determination of structural influences of single nucleotide polymorphisms on TLR1/TLR2 heterodimers and the susceptibility of patients with leprosy through comparative modeling and molecular dynamics. 2013. (Congresso).
International Conference of the AB3C Brazilian Symposium of Bioinformaticstics. Scientific text mining aimig at the identification of bioactive compounds with terapeutical potential against Chagas disease, Malaria and Dengue. 2013. (Congresso).
International Conference of the AB3C Brazilian Symposium of Bioinformaticstics. 3) Studies on the structure and conformation of transmembrane domaina estrutura e conformação do domínio transmembrane of P2X7 receptor.. 2013. (Congresso).
XXVIII Reunião Anual da Federação de Sociedades de Biologia Experimental. Construção de um Cluster SMP (diskless) e Dinâmica Molecular de modelo de bicamada lipídica. 2013. (Congresso).
6 Simpósio Brasileiro de Química Medicinal Brazmedchem.In silico screening of multivalent inhibitors against isoforms of serine hydroxymethil transferase in Leishmania (Viannia) Brazilienzis. 2012. (Simpósio).
IV Simpósio de Simulação Computacional e Avaliação Biológica de Biomoléculas na Amazônia.Dinâmica Molecular aplicada ao desenho de fármacos. 2012. (Simpósio).
V Latin American Postgraduate Program of Biophysics Course. Study of Molecular Dynamics - Overview. 2012. (Congresso).
XXXVII Brazilian Biophysical Society Congress. Binding of new antimalarial compounds within PLM II active site: A docking and molecular dynamics study. 2012. (Congresso).
XXXVII Brazilian Biophysical Society Congress. Binding of new antimalarial compounds within PLM II active site: A docking and molecular dynamics study. 2012. (Congresso).
Brazmedchem 2010.Binding mode of a highly potent and orally active a4b1 antagonist determined by Free Energy Calculations. 2010. (Simpósio).
Simpósio de simulação computacional e avaliação biológica Amazônia.Dinâmica Molecular Clássica. 2010. (Simpósio).
Simpósio de simulação computacional e avaliação biológica Amazônia.Cálculos Computacionais de energia livre. 2010. (Simpósio).
XXXV Congress of the Brazilian for immunology. cytokines expression promoted by epitopes of cysteine proteinase B of Leishmania (Leishmania) amazonenzis in murine cell cultures. 2010. (Congresso).
XXXII Brazilian Biophysical Society Meeting.Modeling of dynamical properties of biomolecules.. 2007. (Encontro).
III ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS.Dinamica Molecular. 2006. (Outra).
II ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS.Alquimia Computacional - De Newton até Boltzamnn. 2004. (Outra).
I ESCOLA DE MODELAGEM MOLECULAR EM SISTEMAS BIOLÓGICOS.Introdução à Simulação por Dinâmica Molecular. 2002. (Outra).

Organização de eventos

Total de organização de eventos (12)

CAFFARENA, E. R.; Dardenne, Laurent E. ; Pascutti, Pedro G. IX Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2018. Outro
CAFFARENA, E. R.; CODEÇO, Flávio. Matemática e Biociencias e a sua importância na Pesquisa. 2018. Exposição
COSTA-FILHO, A. J. ; ITRI, R. ; BARBOSA, L. ; BISCH, Paulo M. ; CIANCAGLINI, P. ; PAULA, E. ; BLEICHER, L. ; CAFFARENA, E. R. ; KUSHMERICK, C. ; CRUZ, J. ; CARDOSO, J. H. L. ; NASCIMENTO, A. S.. XLII Congresso da Sociedade Brasileira de Biofísica. 2017. Congresso
DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, E. R. ; Pascutti, Pedro G. VIII Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2016. Outro
DARDENNE, L. E. ; CAFFARENA, E. R. ; PASCUTTI, P.. VII Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2014. Outro
CAFFARENA, E. R.; DARDENNE, L. E. ; Pascutti, Pedro G. VI Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2012. Outro
CAFFARENA, E. R.; SILVA JR, F. P.. II Workshop em Biologia Molecular Estrutural: Avanços na Caracterização Experimental, Modelagem e Simulação do Comportamento Dinâmico de Sistemas Biomoleculares. 2011. Outro
CAFFARENA, E. R.; DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, P.. V Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2010. Outro
CAFFARENA, E. R.; DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo. IV Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2008. Outro
CAFFARENA, E. R.; DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo. III Escola de modelagem molecular em Sistema Biológicos. 2006. Outro
CAFFARENA, E. R.; DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo. II Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2004. Outro
CAFFARENA, E. R.; DARDENNE, L. E. ; PASCUTTI, Pedro Geraldo. I Escola de Modelagem molecular em sistemas biológicos. 2002. Outro

Lista de colaborações

Colaborações endôgenas (3)

Ernesto Raúl Caffarena ⇔ Fabricio Alves Barbosa da Silva (3.0)
DUVAL, FELIPE ; CAFFARENA, ERNESTO ; CRUZ, O. G. ; SILVA, G. M. S. ; SILVA, F. A. B.. AdverseMiner: Minerador de efeitos adversos em bases convencionais e não-convencionais. Medicina (Ribeirao Preto. Online). v. 48(s3), p. 6-11, issn: 0076-6046, 2015.
[ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
SOARES, RAFAEL FERREIRA ; DA SILVA, FABRÍCIO ALVES BARBOSA ; GUIMARÃES, ANA CAROLINA RAMOS ; CAFFARENA, ERNESTO RAUL. The influence of the pentose?s pathway of the Clostridium Acetobutylicum on the production of butanol: Insights from mathematical modeling. Em: INTERNATIONAL CONFERENCE OF COMPUTATIONAL METHODS IN SCIENCES AND ENGINEERING 2016 (ICCMSE 2016), v. 1790, p. 100011, 2016.
[ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
DUVAL, FELIPE ; CAFFARENA, ERNESTO ; JEZUZ, MILENE ; SILVA, FABRICIO ; G. CRUZ, OSWALDO ; BARÇANTE, EDUARDO. Identifying Drug Repositioning Targets Using Text Mining. Em: International Conference on Knowledge Discovery and Information Retrieval, p. 348, 2014.
[ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]

Ernesto Raúl Caffarena ⇔ Mauricio Garcia de Souza Costa (3.0)
ANTUNES, DEBORAH ; JORGE, NATASHA ANDRESSA NOGUEIRA ; GARCIA DE SOUZA COSTA, MAURICIO ; PASSETTI, FABIO ; CAFFARENA, ERNESTO RAUL. Unraveling RNA dynamical behavior of TPP riboswitches: a comparison between Escherichia coli and Arabidopsis thaliana. Scientific Reports. v. 9, p. 4197, issn: 2045-2322, 2019.
[ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
SUTTER, AMANDA ; ANTUNES, DEBORAH ; SILVA-ALMEIDA, MARIANA ; COSTA, MAURÍCIO GARCIA DE SOUZA ; CAFFARENA, ERNESTO RAUL. Structural insights into leishmanolysins encoded on chromosome 10 of Leishmania (Viannia) braziliensis. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ. v. 112, p. 617-625, issn: 0074-0276, 2017.
[ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
SANTOS, DEBORAH ANTUNES DOS ; COSTA, MAURICIO GARCIA DE SOUZA ; ALVES, CARLOS ROBERTO ; CAFFARENA, ERNESTO RAUL. Structural and dynamic insights into the C-Terminal extension of Cysteine Proteinase B from Leishmania amazonensis. Journal of Molecular Graphics & Modelling. v. 70, p. 30-39, issn: 1093-3263, 2016.
[ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]

Ernesto Raúl Caffarena ⇔ Paulo Ricardo Batista (2.0)
BRANDT, ARTUR M. L. ; Batista, Paulo Ricardo ; SOUZA-SILVA, FRANKLIN ; ALVES, CARLOS ROBERTO ; CAFFARENA, ERNESTO RAUL. Exploring the unbinding of Leishmania (L.) amazonensis CPB derived-epitopes from H2 MHC class I proteins. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS. v. 84, p. n/a-n/a, issn: 0887-3585, 2016.
[ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]
BORGES, P. V. ; MORET, K. H. ; MAYA-MONTEIRO, C. M. ; SOUZA-SILVA, F. ; ALVES, C. R. ; Batista, P. R. ; CAFFARENA, E. R. ; PACHECO, P. ; HENRIQUES, M. D. G. ; PENIDO, C.. Gedunin Binds to MD-2 and Impairs LPS-Induced TLR4 Signaling in Macrophages. Molecular Pharmacology. v. 88, p. 949-961, issn: 1521-0111, 2015.
[ citações Google Scholar | citações Microsoft Acadêmico | busca Google ]

Data de processamento: 19/11/2019 14:47:18

Relatório gerado por scriptLattes V8.11. Os resultados estão sujeitos a falhas devido a inconsistências no preenchimento dos CVs Lattes. E-mail de contato: leonardo.bastos@fiocruz.br